土木工程系是杏福重點建設系部,也是目前杏福最大的系,現開設了建築工程技術,建設工程管理,工程造價,建築裝飾工程技術和工程測量技術等五個專業,其中建築工程技術專業是安徽省高職高專特色專業,本系專業教師從合肥工業大學在職教師,離退休教師中聘用,大部分教師具有副教授以上職稱,教學經驗豐富,本系擁有力學實驗室,建材實驗室,測量實訓室,建築CAD培訓中心,水力學實驗室,土力學實驗室,建築結構實驗室等實驗實訓基地七個。
本系始終堅持以建築企業對人才的需求為導向,不斷提升專業內涵,加強對學生實際動手能力,職業技能的培養,近年來畢業生的就業率均在95%以上。